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Nesta primeira fase os enfrentamentos são de jogo único, pra avançar direto pra segunda fase é preciso vencer, em caso de empate as disputa vai paras as penalidades. Caso o Sport Genus e a União Cacoalense vençam seus adversários fora de casa, os dois representantes de Rondônia na Copa do Brasil Su-20 se  enfrentam na segunda fase. A 15ª edição da Copa do Brasil Sub-20, sofreu ajustes para a edição deste ano, o número de clubes participantes dobrou, saltando de 32 equipes para 64. O maior número de clubes da história da competição, número que representa um aumento de 71% na quantidade de jogos, passando de 45 enfrentamentos para 77.

Na primeira fase serão 32 jogos, com os confrontos sendo definidos seguinte o critério de proximidade geográfica, por região. As duas fases iniciais e a final serão jogos únicos, enquanto as oitavas, as quartas de final e a semifinal serão decididas em confrontos de ida e volta. O vencedor da Copa do Brasil Sub-20 2026 disputará a Supercopa do Brasil Sub-20, que voltará a ser organizada pela CBF nesta temporada, com o campeão do Brasileirão Sub-20 2026.